Мегатон Мусаси

Руководство убежищ принимает решение скрыть правду о вторжении от обычных граждан, используя технологии подавления памяти ради сохранения общественного порядка. Большинство жителей продолжают вести относительно спокойную жизнь, посещают школы, работают и отдыхают, даже не подозревая о разрушенной поверхности планеты. Одним из таких подростков становится Ямато Итидайдзи, обладающий вспыльчивым характером и постоянным стремлением ввязываться в драки. После случайного столкновения с военными организациями парень узнаёт правду о существовании драктеров и скрытой войне за выживание человечества.

Одновременно выясняется, что некоторые подростки обладают особыми способностями синхронизации с огромными боевыми машинами, называемыми роугами. Эти гигантские роботы становятся единственным оружием, способным противостоять инопланетным силам на равных условиях. Ямато вместе с новыми союзниками проходит подготовку внутри секретной базы, где пилотов обучают тактике, управлению вооружением и совместным действиям против превосходящих сил противника. Во время первых операций подростки сталкиваются с разрушительными атаками драктеров, использующих необычные технологии и тяжёлые механизированные подразделения.